Au TMS, une impulsion magnétique est envoyée au cortex cérébral au moyen d'une bobine à travers le crâne. Selon la loi de Lenz-Faraday, le changement rapide du flux magnétique suscite un champ électrique qui modifie l'activité neuronale dans la zone traitée. Dans les applications cliniques, la TMS répétitive (SMTr), un type de TMS avec une forme rythmique et répétitive, est principalement utilisée pour le traitement des troubles neuropsychiatriques. Cela permet de diagnostiquer et de proposer des traitements pour les troubles neurologiques et psychiatriques. De plus, le TMS permet de mieux comprendre le rôle que jouent des domaines spécifiques dans les activités motrices ou cognitives de l'homme et contribue ainsi à la recherche neuroscientifique.