Bij TMS wordt er met behulp van een spoel doorheen de schedel een magnetische puls naar de hersenschors gestuurd. Volgens de wet van Lenz-Faraday wekt de snelle verandering van de magnetische flux een elektrisch veld op dat de neuronale activiteit in het gebied dat wordt behandeld, wijzigt. In klinische toepassingen wordt repetitieve TMS (rTMS), een type TMS met een ritmische en repetitieve vorm, meestal gebruikt voor de behandeling van neuropsychiatrische aandoeningen. Dit maakt het mogelijk om een diagnose te stellen en een behandeling voor neurologische en psychiatrische aandoeningen voor te stellen. TMS verschaft bovendien een beter inzicht in de rol die specifieke gebieden spelen bij motorische of cognitieve activiteiten bij de mens, en draagt op die manier ook bij aan neurowetenschappelijk onderzoek.
